เนื้อเรื่อง

"ยุคล่มสลายของนินจา"

- หลังจากมหาสงครามนินจาครั้งที่ 5 ฝ่ายอาณาจักรและเจ้าเมืองทั้งหลายเริ่มเห็นถึงความวินาศที่อาจเกิดขึ้นได้จากวิชานินจาหลากหลายสาขาจนไม่สามารถควบคุมได้โดยบุคคลที่ไม่ได้ฝึกวิชานินจา เหล่าไดเมียวต่างลงความเห็นเป็นหนึ่งเดียวกันและได้ยกขึ้นเสนอแก่โชกุนซึ่งก็เห็นด้วยกับมาตรการ "ลบ" ตัวตนและวิชาของนินจาให้หมดไปจากแผ่นดิน

- 14ปีให้หลังจากที่มีมติ "ลบ" นินจา ฝ่ายซามุไรร่วมมือกับนินจาถอนตัวกลุ่มหนึ่งได้สร้างพิษที่มีความสามารถในการรบกวนการไหลเวียนของจักระในร่างกายมนุษย์ให้ไม่สามารถนำออกจากร่างกายออกมาใช้เป็นวิชานินจาได้แต่ไม่มีผลต่อร่างกายโดประการอื่น ซึ่งพิษตัวนี้ถูกลักลอบนำเข้าไปตามหมู่บานนินจาทั้ง 5 และละลายปนเปื้อนไปกับแหล่งน้ำ ในเวลาไม่นาน คนทั้งหมู่บ้านก็ได้รับสารพิษเข้าไปในร่างกาย

- ฝ่ายซามุไรเปิดฉากบุกโจมตีหมู่บ้านนินจาสังหารผู้ใช้วิชานินจาอย่างโหดเหี้ยมโดยที่ฝ่ายนินจาแทบจะไม่สามารถป้องกันตัวเองได้เลยเนื่องจากมีจำนวนที่น้อยกว่าและไม่สามารถใช้จักระได้

- หลังจากสงครามใหญ่ที่กินเวลาเพียงไม่ถึง 4 ฤดู ฝ่ายนินจาก็ถูกปราบจนราบเรียบ โรงเรียนสอนนินจาและวิชานินจากลายเป็นสิ่งต้องห้ามไปทั่วทั้งแผ่นดินซึ่งมีโทษถึงประหารชีวิตผู้ที่ฝ่าฝืนและครอบครัว จึงเป็นจุดสิ้นสุดยุคสมัยของนินจา ... หรืออย่างน้อยไดเมียวทั้งหลายและโชกุนก็คิดเช่นนั้น

- กลุ่มนินจาที่เหลือรอดชีวิตกลุ่มหนึ่งหลบหนีเข้าไปในป่าลึกทางทิศใต้ของดินแดนแห่งไฟและได้แอบสร้างหมู่บ้านลับขึ้นมาอีกแห่งหนึ่งโดยที่ตัดขาดจากโลกภายนอกอย่างสิ้นเชิงตั้งชื่อว่า "อามะงาคุเระ" ภายใต้การนำของ "เทนคาเงะ" คนที่ 1

- เวลาผ่านไป สารพิษที่อยู่ในร่างกายของนินจาผู้ที่รอดชีวิตก็เริ่มเสื่อมสภาพลงทำให้กลับมาใช้จักระได้อีกครั้ง ภายใต้การนำของเทนคาเงะ นินจาทุกคนในหมู่บ้านก็ช่วยกันสร้างเกราะป้องกันหมู่บ้านด้วยคาถานินจาอีกครั้ง ทั้งการใช้คาถาพรางตา และวิชานินจาอื่นๆ และสิ่งหนึ่งที่เทนคาเงะรุ่นแรกได้ตัดสินใจไปโดยไม่สนใจคำห้ามปรามของที่ปรึกษาทั้งสี่คนคือคำสั่งให้ "ส่งข่าวไปยังนินจาคนอื่นๆที่ยังคงเหลือรอดและกระจัดกระจายกันอยู่ว่าที่พักพิงอันปลอดภัยของเหล่านินจาได้สร้างขึ้นใหม่แล้ว"

สารพิษละลายจักระ

   เป็นสารพิษที่ปนเปื้อนอยู่ในธรรมชาติทำหน้าที่ขัดขวางการไหลเวียนของจักระจนไม่สามารถนำมาใช้สร้างเป็นวิชานินจาได้ สารพิษเจือจางจนแทบจะไม่แสดงผลให้เห็นแล้วที่อามะงาคุเระแต่ก็อาจมีบางกรณีที่มีคนที่ได้รับผลกระทบจากสารพิษนี้อย่างร้ายแรงแม้จะได้รับเข้าสู่ร่างกายเพียงน้อยนิด(ซึ่งจะใช้เป็นวิธีในการ "แจกใบเหลืองและใบแดง") สถานพยาบาลของอามะงาคุเระจะมีนินชาแพทย์ผู้เชี่ยวชาญกับการรับมือต่อสารพิษชนิดนี้อยู่ แต่ก็ไม่สามารถหาทางป้องกันได้อย่างเด็ดขาดเสียที